Vanaf 1 januari 2018 valt het Centrum Wiskunde & Informatica (CWI) onder een nieuwe stichting, de Stichting Nederlandse Wetenschappelijk Onderzoek Instituten, kortweg NWO-I. Dit is het resultaat van de splitsing van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) in een deel dat zich met subsidieverlening bezighoudt en een deel dat het institutenbeheer onder zich heeft. NWO regelt vanaf 2018 de subsidies, terwijl bij NWO-I het beheer van de instituten is belegd.
De scheiding van taken bij het NWO moet leiden tot een organisatie die slagvaardiger inspeelt op ontwikkelingen in de wetenschap en samenleving.
Binnen de Stichting NWO-I vallen naast het CWI instituten als Amolf, Arcnl, Astron, Differ, Nikhef, NIOZ, NSCR en SRON. De instituten worden vanaf 2018 bestuurd door één bestuur, het stichtingsbestuur NWO-I. Het bestuur van de stichting vormt een personele unie met de raad van bestuur NWO, dat wil zeggen dat beide besturen bestaan uit dezelfde personen. Het bureau van NWO-I zal CWI ondersteunen bij financiën, strategie, communicatie, juridische zaken en personeelszaken. Jos Baeten blijft directeur van het instituut in het Science Park in Amsterdam.
Volgens het CWI gaat het om een bestuurlijke herinrichting. Aan de missie verandert niets. CWI blijft zich bezighouden met fundamenteel wetenschappelijk onderzoek op het gebied van wiskunde en informatica.