De beste software voor bio-informatici moet nog gemaakt worden. De bio-informatici zitten onder meer te springen om programma’s die hen helpen met het sorteren van hun gegevens en het vergelijken ervan met de miljarden gegevens in dna-databases ontsloten via internet.
De opkomst van bio-informatici bij een presentatie door collega’s van de onderzoekssoftware, begin december in Amsterdam, was dan ook groot. De presentaties gingen onder meer over software die de academici helpt met het zogenoemde pathway-onderzoek. Een bio-informaticus wil in dat geval de volgorde bepalen van de genetische en moleculaire factoren die leidt tot een bepaalde reactie.
Rachel van Haaften, onderzoekster bij de Universiteit Maastricht, deed ervaring op met het programma Genmapp. Dat is een open source Visual-Basic-applicatie, beschikbaar gesteld door de Universiteit van Californië in San Francisco. Van Haaften keurt het programma goed: “Een zwak punt lijkt me dat het een initiatief is van een kleine academische groep. Wellicht beperkt dat de levensduur ervan.”
“Kun je de onderzoeken automatiseren?”, wil een collega-onderzoeker weten. “Geen idee, maar de bediening is echt heel makkelijk.”
Mooie jpeg
Na het tellen van de opgestoken handen in de zaal blijken tien van de 75 bezoekers het programma te gebruiken. “Andere programma’s bieden weliswaar meer functionaliteiten voor bijvoorbeeld het zoeken in databases, maar dan kan je er vaak weer geen eigen gegevens bij gebruiken”, reageert een onderzoeker in het publiek. Volgens hem wordt er gewerkt aan een Java-versie van Genmapp.
De commerciële tegenhanger van Genmapp is Pathway Analysis, geproduceerd door het Amerikaanse Ingenuity. Amsterdams Biochemicus Anton Horrevoets: “Daarvan is een tijdelijke proefversie beschikbaar.” Ook dit is makkelijk in gebruik, zo blijkt. Horrevoets vindt het programma onder meer prettig omdat het links biedt naar meerdere wetenschappelijke databases van publicaties. “Dan hoef ik niet zestigduizend artikelen te lezen.” Dat is meteen ook de beperking: “Je vindt alleen wat reeds in de literatuur is beschreven.”
Horrevoets kon de met Pathway Analysis berekende chemische en genetische reactievolgorde niet exporteren: “Het levert een hele mooie jpeg op. Maar daar kan je geen ander gereedschap op loslaten.”
Ook de kostprijs is een punt, merken de anderen op. Ze kunnen kiezen tussen het zelf doen met Genmapp, of snel vooruit komen met Ingenuity.
Een miljoen papers
Dat laatste is tevens het doel van het Nederlandse Collexis. De gelijknamige software maakt zelfstandig een database van steekwoorden in documenten en houdt daarbij onder meer rekening met synoniemen en homoniemen.
De database legt zelfstandig de link tussen bijvoorbeeld de afkorting PSA en ‘prostate specific antigen’ of juist ‘psoriatic arthritis’. “Er zijn in de biologie zoveel gelijkluidende afkortingen, dat het zelfstandig zoeken in databases met publicaties niets oplevert”, aldus Barend Mons, een van de oprichters van Collexis. “Twee onderzoekers kunnen urenlang publicaties doorzoeken, en dan houden ze nog duizenden potentiële referenties over. Collexis vindt zelf de tien meest relevante publicaties.”
Volgens de malariaonderzoeker leiden dergelijke softwarematige combinaties van gegevens er binnen vijf jaar toe dat wetenschappelijk publicaties niet meer behelzen dan de ‘abstract’ (samenvatting). Databaseonderzoek daaruit zelf kan nieuwe onderzoeksresultaten opleveren. “Daarom is Elsevier ook een van de investeerders.”
Volle zaal
De zaal in het Amsterdams Medisch Centrum bleek kleiner dan ingeschat; op het laatste moment werd de bijeenkomst verplaatst naar een groot klaslokaal in de hogeschool naast het ziekenhuis. Zelfs in dat lokaal bleven maar een paar stoelen onbezet. “Het publiek? Voornamelijk postdocs en een handvol universitaire hoofddocenten”, weet Karin van Haren van het Bioinformatics Centre in Nijmegen, een van de organisatoren.
De middag was georganiseerd door Bioasp: een samenwerkingsverband van bedrijven en universiteiten voor het ontwikkelen van bio-informaticagereedschappen en de ict-infrastructuur erachter.< BR>
