Na de overwinning op Gari Kasparov richten de Deep Blue-onderzoekers zich op het echte werk. Sinds eind jaren tachtig is Deep Blue synoniem voor een groot onderzoeksproject op de Watson Research Laboratories in Yorktown Heights.
Na hun vingeroefeningen met schaken willen de IBM-onderzoekers hun technologie toespitsen op gebieden als economische analyse en farmaceutisch en medisch onderzoek.
De kern van de opdracht luidt steeds: zoek de parels in bergen met informatie. Doel van het Deep Blue-onderzoeksproject is het optimaliseren en versnellen van de zoekmethoden. Het Deep Blue-team start met een algemeen inzetbare computer en voegt hieraan co-processoren toe voor zeer specifieke taken. Deep Blue bijvoorbeeld is gebouwd rond IBM’s parallelle supercomputer RS/6000. Elk van de 32 Powerpc- en Power-processoren kregen versterking van 16 speciaal ontworpen schaak-coprocessoren. Hierin zitten bijvoorbeeld de regels van het spel en de algoritmen voor het doen van zetten gebakken. De chips werken parallel en handelen zoveel mogelijk bewerkingen zelf af, zonder dat ze elders uit het systeem informatie hoeven op te vragen. De chips kunnen ook zelf zetten genereren, berekeningen doen en een positie op het schaakbord vergelijken met posities uit een database-onderzoek. Elk van de 512 chips is een complete schaakmachine die per seconde 2 tot 3 miljoen bordpatronen kan evalueren.
Door specifieke algoritmen in de chip te bakken is de oplossing van problemen tot wel honderd maal te versnellen. Dezelfde aanpak zien we in algemeen toepasbare processoren. Ultrasparc van Sun en de Pentium hebben bijvoorbeeld ondersteuningen in hardware gekregen voor het versnellen van de decompressie van ingedikte digitale video (Sun noemt het VIS, Intel MMX). Doelgericht chips ontwerpen en produceren voor specifieke rekentaken is echter kostbaar.
De chips van Deep Blue kunnen gezamenlijk acht zetten vooruit kijken. Naast deze versnelling is expertkennis toegevoegd. Aan de hand van die ervaringskennis kon men nog verder vooruit denken. In tegenstelling totdatamining, waarbij bestanden worden aangelegd van groepen met overeenkomstige eigenschappen, levert de zoektocht slechts één of enkele goede oplossingen. Een variatie op de schaakcomputer, een mini-SP2 die is toegespitst op het aanduiden van de juiste beleggingsobjecten, wordt inmiddels getest. Het systeem gebruikt een variatie op de schaakcomputer door ‘drie of vier zetten vooruit te denken’.