Bundeling onderwijs bio-informatica

Vier universiteiten en één hogeschool gaan samen onderwijsprogramma’s maken voor de studie bioinformatica. Ze hopen zo de opbouw van het vak te versnellen.

Het bepalen van de precieze samenstelling of werking van veel biologisch materiaal, zoals eiwitten, wordt overgelaten aan robots. Er zijn honderdduizenden verschillende eiwitten, bouwstenen voor cellen, organen en organismen. Stelsels van eiwitten maken weer nieuwe eiwitten, doordat ze zich in ketens en in structuren opvouwen. Een deel van zo’n eiwit wordt bijvoorbeeld afgestoten door water terwijl een ander deel zich daar juist naar toe buigt. Bepalen hoe eiwitten zich onder bepaalde voorwaarden opvouwen, genereert een enorme hoeveelheid data. Hoe die data te analyseren of te visualiseren, is één van de hoofdbrekens voor bioinformatici.

Het project gaat de komende twee jaar bestaande cursussen aan de universiteiten in Wageningen, Utrecht, Leiden en Nijmegen en de Hanze Hogeschool aan elkaar aanpassen. Ook wil de groep nieuw onderwijsmateriaal verzamelen. De samenwerking moet het onderwijs laten aansluiten op de onderzoekspraktijk bij deze en andere instituten.
De vijf instituten beginnen met het verzamelen van wat er aan bioinformatica-onderwijs gegeven wordt. Uiteindelijk moeten docenten via een website materiaal aangereikt krijgen, waarmee ze cursussen kunnen opzetten en uitwisselen. “We beginnen met een plaats voor de docenten”, aldus Jan Willem Tellegen, directeur van het Nederlandse centrum voor bioinformatica (Nbic). Het vak is wellicht later ook via het web te studeren.
Het samenwerkingsproject Biotune werd in maart goedgekeurd door de het Nbic. Deze stichting kreeg enkele jaren terug enkele tientallen miljoenen euro van de overheid om de bioinformatica in Nederland te stimuleren. Biotune is het grootste project totnogtoe van Biowise, de onderwijstak die uit deze subsidiepot is opgezet.

Databases

De studie bioinformatica leert biologen omgaan met terabytes aan digitale gegevens die bij onder meer genetisch onderzoek worden gegenereerd. Biologen moeten daarvoor onder meer goed begrip krijgen van de it-infrastructuur en de databases waarin de data is gevat.
“Die data bevat gegevens over de manieren hoe bijvoorbeeld genen reageren op voedingstoffen, of welke gen of combinatie van genen verantwoordelijk is voor een bepaalde structuur van een cel “, zegt Tellegen. “Je kijkt niet meer in de reageerbuis.”
Bioinformatici leren daarom onder meer werken met de computeralgoritmes die gebruikt worden om de chemische samenstelling van eiwitten of dna te onderzoeken. Andere berekeningen helpen de condities te bepalen waaronder eiwitten met elkaar reageren, of voorspellen de structuur en daarmee de werking van eiwitten.
De data wordt dankzij geautomatiseerde onderzoeken steeds sneller verzameld. De nieuwste optische technieken leveren bijvoorbeeld gegevens die kunnen worden omgezet in driedimensionale afbeeldingen. De talrijke reeds beschikbare gegevens worden door onderzoekers ook gebruikt voor nieuwe geautomatiseerde berekeningen. Die leiden tot vooronderstellingen, die vervolgens in laboratoria worden getest.
Dat heeft wel gevolgen voor de methoden waarop de gegevens verzameld, bewaard en verwerkt worden. De studenten worden daarom geacht de it-infrastructuur aan te kunnen die voor dergelijke grootschalige berekeningen nodig is. Ook wordt ze geleerd toepassingen te schrijven die de data analyseren en visualiseren, of er statistisch berekeningen op uit te voeren.< BR>